小遥得到千里的承认后，也代表着要向其他新人训练家一样，要独自面对未来的生活。
临走前，林千行将一只伊布转到小遥的名下。
千里也不知道林千行突然离开要去做什么，只好安慰有些失落的小遥，说林千行不久后还会再回来的。
在橙华市休息几天，千里也顺便教导小遥。亲爹的教导往往比其他人的教导更加印象深刻，不听话是真打呀。
没了林千行的“使不得大法”小遥没少被千里教训。
回忆着林千行的抬手满嘴使不得，小遥更加难过了，还是老一辈会疼人。
小遥再度踏上旅程时，可多拉已经进化为波士可多拉。可见千里有多认真，这也是生怕女儿在外面被欺负。
小遥的其实已经超越同龄人很多，可以说用不了多久就能追上提早出发的小智和小茂。
就在小遥从卡绿隧道前往紫堇市之际，远在关东的小智也迎来了最后的道馆赛。
常青道馆，馆主——坂木！
在金黄市的西尔佛总部大楼，小智击碎了坂木的阴谋，也因此正面交战过坂木。
坂木被击败也不得不将他占领西尔佛总部的目的说出来，其实全都是因为一只可以说是超越神的人造宝可梦失去了控制。
希尔佛公司是宝可梦世界制造技术的引领者，包括现代精灵球在内，许多训练家使用的道具都是由希尔佛生产的，其中也包括了一个禁忌——大师球。
坂木的目的就是想通过得到大师球的制造方法和数据，从而控制那只强大的人造宝可梦。
只是他的目的被小智阻止后，也不得不放弃这个念头。
火箭队老大的身份已经被公之于众，从此之后他只能转入地下。
不过在联盟还没找上他之前，他还想在和小智交一次手。
小智给他的感觉就像是很多年以前和他一起旅行的一位朋友。
只不过他那位朋友，在去追寻所谓的理想后就从此消失不见了。说不定小智就是那人的儿子呢，毕竟他儿子和小智的年纪也差不多。
坂木最后一次以常青道馆的馆主身份与小智对战。
小智先后派出耿鬼和喷火龙击败了坂木的尼多王和尼多后，随后又以皮卡丘击败袋兽，比雕对战三地鼠，妙蛙花对战钻角犀牛……
击败坂木后，小智拿到八枚徽章，已经有资格参加石英大会。
距离石英大会开幕还有一段时间，趁着这个时间，小智听从小刚的建议前往白银山训练。
小刚为了更加了解宝可梦选择留在大木研究所，为以后成为首屈一指的培育家做准备。
小霞返回华蓝市，她听说最近的华蓝市治安不太好，有些放心不下姐姐们，只能返回道馆坐镇。
通过和小智的旅行，小霞也多了一些新的宝可梦。
偶然收服的可达鸭，林千行赠予的丑丑鱼，蚊香君……
小霞的实力提升也很大，这次重新回到华蓝市也是为了把关东最弱道馆的名号摘下去。
人家小刚明明是岩石系馆主，却比小霞这水系馆主名声大得多，对于一众新人训练家来说实力也更强。
从小刚那里得知小智等人近况的林千行不禁深深怀疑，这到底是小智那个傻东西还是白银山战神Red爷呢。
返回神奥的林千行回到庄园。
看门的花岩怪——幽琳，还在兢兢业业的守门。
家里也被裙儿小姐打理的井井有条。
庄园里的植物也都被草系宝可梦们照顾的很好，散养的宝可梦也一只没少，甚至还多了几只。
正躺在床上看书的艾琳感知到林千行回来，马上用瞬间移动出来，一头扑在林千行身上，像个挂件一样。
裙儿小姐一脸羡慕，它也想这样，但是又有点拉不下脸。好像人类口中偷情的一样……
裙儿小姐最近可是相当无聊，以前有两位小姐在身边它还没觉得寂寞，现在家里虽然有艾琳作伴，但是这家伙根本不怎么跟自己说话。
无聊的裙儿小姐每天打扫完屋子后只能去庄园内散散心。
林千行这次回来也没在家中待多长时间，给小光那里带去礼物之后便匆匆离去，前往铃兰岛的神奥联盟所在地。
他这次回来主要是因为兹伏奇那边传来的消息。
从上次在卡那兹市和兹伏奇说了巨大陨石的消息之后，兹伏奇也让绿岭宇宙中心全面观测地球附近的陨石，没过多久就探知到了巨大陨石的存在。
目前已经距离地球不算远了，大概还有半年的时间就会进入地球轨道，情况相当危险。
绿岭研究所第一时间就研究出了紧急预案，那就是制造强大的导弹炸碎巨大陨石。
只是能炸毁巨大陨石的导弹半年时间哪造的出来，即便是加快速度，也需要三个月左右。
林千行没有打击对方为了保护地球的决心，只有他知道那块巨大的陨石可不是普通的陨石，里面藏着沉睡的代欧奇希斯。
飞机上，林千行不禁回忆起一千年前那场巨大陨石危机。